Willem Janszoon sinh vào khoảng những năm 1570, nhưng không có thông tin về ông lúc nhỏ.

Janszoon lần đầu được biết đến khi tham gia vào dịch vụ của Oude compagnie, một trong những công ty tiền nhiệm của Công ty Đông Ấn Hà Lan (VOC), vào năm 1598 với tư cách là một người đứng thứ hai trên tàu Hollandia, một phần của hạm đội thứ hai dưới thuyền trưởng Jacob Cornelisz van Neck, được phái bởi người Hà Lan đến Đông Ấn Hà Lan.[3] Vào ngày 5 tháng 5 năm 1601, một lần nữa ông đi thuyền đến Đông Ấn với tư cách là thuyền trưởng của tàu Lam, một trong ba tàu trong hạm đội của Joris van Spilbergen.[4]

Janszoon khởi hành từ Hà Lan đến Đông Ấn lần thứ ba vào 18 tháng 12 năm 1603, như đội trưởng của tàu Duyfken (hoặc Duijfken, có nghĩa là "Little Dove"), một trong mười hai con tàu của hạm đội lớn của Steven van der Hagen.[5] Khi các tàu khác rời Java, Janszoon được cử đi tìm kiếm các khu vực thương mại khác, đặc biệt là ở "vùng đất lớn của New Guinea và khu vực phía Đông và phía Nam của New Guinea".